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注册日本商标的费用因多种因素而异，包括服务内容、商标类别和商品或服务的范围等。一般来说，注册日本商标的费用大致如下。
1、商标查询费用：免费或根据代理机构提供的专业查询服务收费，具体费用视代理机构而定。
2、商标申请费用：一般在人民币几千元左右，具体取决于商标的复杂程度和法律要求。
3、商标异议期答辩等后续服务费用：视具体情况而定，可能需要额外支付。
还需要考虑到一些其他因素，如代理机构的收费标准和提供的服务质量等，无法给出具体的费用数额，建议与日本当地的商标代理机构联系，以获取准确的费用估算和相关详细信息，同时请注意，所有涉及商标注册的步骤和费用应遵循日本商标法律和规定。